随着食用菌生产的发展，病虫害也逐渐严重，各种病虫害通过多种途径侵染食用菌制种和栽培的各个环节。轻者造成食用菌减产，一般减产20～30%；重者无收，使栽培全部失败。因此，掌握病虫害的发生规律，找出有效的防治方法，是食用菌生产中急待解决的问题。
病虫害的侵染一般有3个渠道侵染食用菌：出培养料和覆土带入菇房，尤其用生料栽培；自然传播，在食用菌制种和栽培管理中，由于环境差和消毒不好引起；菌种带菌，使用的母种、原种、栽培种混有杂菌和病虫。食用菌生产中污染培养料及菌丝体的杂菌有毛霉、木霉、青霉、曲霉、脉孢霉等。为害子实体的病害有由毛霉引起的平菇毛霉病；由青霉引起的平菇青霉病；由病毒颗粒引起的病毒病；及由粘菌引起的粘液病等。为害平菇的害虫主要有平菇厉眼蚊、平菇尖须夜蛾、星狄夜蛾、菇螨及跳虫等。对病虫害的防治应采取预防为主，综合防治的措施。
⑴选用新鲜、干燥、无霉变的原辅材料，使用前原料经曝晒2～3天，如能采用先堆制发酵，后高压灭菌的双重处理，则能更有效地防止病虫的发生和为害。
⑵保持菇房及四周经常性清洁卫生，菇房使用前必须清除干净残留的培养料、垃圾等污染源，并用10%的石灰水或波尔多液涂刷墙壁、棚顶及床架，也可用2%～3%甲醛液喷雾；再喷0.4%敌敌畏或0.2%乐果液，以杀灭害虫。
⑶接种时加大播种量，一般以增加15%～20%为宜，让平菇菌丝迅速生长占满料面，可抑制杂菌的发生。
⑷加强管理，调控好温湿度，特别是在发菌期，空气相对湿度应控制在60%左右，温度不超过28℃，尽量创造一个有利平菇生长发育而不利病虫发生和繁殖的生态条件。平菇在不良环境下易形成各种畸形菇，畸形的类型有盖小高脚型、盖小珊瑚型、盖小柄粗型、无盖光杆型、盖皱柄粗型、皱缩干枯型等。发生原因主要是：当光照不足，温度偏低；或在栽培中草帘盖得太厚和一直不揭膜，通风不良，二氧化碳积累过多，都容易产生高脚型子实体。当温度偏高，湿度偏低（培养料的含水量和菇房的空气相对湿度都偏低）或没有及时喷水等，都极容易产生盖不皱缩干枯型。在子实体分化形成期，遇上23℃以上的高温或长期在较高温度下，物质代谢受阻，营养物质输送不到菌盖，容易产生盖小柄粗（呈水胀状）的畸形菇。此外，在栽培上选用质量差的塑料薄膜作覆盖材料，当膜内凝结的水滴滴落到子实体时，会出现菌盖着色的畸形菇。预防畸形菇的发生，也应采取综合性的生态防治，如合理安排栽培季节，选好质量较好的薄膜或地膜作覆盖材料。出菇期根据所栽培品种的温型，调控适宜的温度条件，珊瑚期后，空气相对湿度调至90%，但不能高于95%，防止菌盖变色腐烂。当二氧化碳浓度超过0.06%时，就会抑制菌盖的生长。因此，要加强通风换气，一般以人在菇房无压抑感为度，通风后要喷水补湿，让子实体从空气中吸收水分 。
