营养袋是为土中的羊肚菌菌丝提供碳源、氮源等营养物质的载体，也被称为“外援营养袋”。营养袋的应用是羊肚菌试验产业化栽培的关键，对于羊肚菌的产量至关重要。由于羊肚菌的营养袋在灭菌后需要打孔或划口，紧贴土面放置于地表，以使得羊肚菌从土中长入袋内，分解利用袋内的培养料，因此杂菌也可乘机侵入袋内、占领料面、形成竞争局面。
要预防营养袋污染杂菌，需做好以下几点：
1. 对营养袋内的原料彻底灭菌。培养料中的麦粒、木屑需要提前24h浸泡，使原料彻底泡透，麦粒无白芯。培养料内需要加入1%的石灰，以调节pH约在8左右。装袋时选用薄厚适合的塑料袋。防止由于木屑刺破塑料袋或摩擦产生微孔。装袋后的营养袋及时灭菌，100℃保持8h左右。搬运营养袋注意轻拿轻放，以免造成塑料袋破损。
2. 使用时，营养袋需要使开口部位贴紧土壤表面。可使用壁纸刀或粗钉板在营养袋的一个面划口或扎孔，然后将营养袋开口或扎孔的这个面水平放在土面上。放营养袋时注意需要用一定力度，以促使开口处与土壤紧密贴合，以便羊肚菌菌丝快速生长到袋内的培养料中。
3. 控制发菌温度。羊肚菌属低温真菌。温度较低时，相对杂菌生长处于优势地位。因此，放置营养袋后，要在棚前部挂一层6针遮阳网，同时也可在畦面覆盖一层黑色地膜，防止阳光直射到营养袋表面。控制棚内温度在5-22℃。
4. 加强巡查。一旦营养袋发生杂菌，根据污染程度采取相应的措施。对于羊肚菌已部分或完全吃透培养料，而仅仅少部分被污染的营养袋，可不做处理，继续观察。对于全部被杂菌污染，尤其是杂菌已从营养袋内向土壤中蔓延生长的营养袋，及时挑拣出，并在原营养袋摆放的土表撒少量生石灰，以防止杂菌蔓延。
