1、菌种质量差：菌种的优劣是栽培成功的关键，许多菇农为了降低成本，凭种菇经验自繁原种和生产种，或到一些技术力量薄弱、 管理混乱的私人菌种站购买菌种。他们生产出来的菌种势必存在生活力低、容易退化、抗病力差、产量低等现象。
2、品种选择不当：春夏菇的品种选择尤其重要，一些菇农认为高温品种菇形欠佳、产量一般而盲目选择菇形、产量较好的广温品种进行春夏菇栽培。一旦遭遇连续高温，便有不出菇问题。
3、培养料灭菌不彻底：熟料栽培如果培养料灭菌不彻底，料内生存的杂菌会与食用菌菌丝争夺养分，使其不能正常分解培养料而造成减产甚至生产完全失败，很多菇农在这一环节上出问题，他们大多有自制的常压消毒灭菌锅，锅顶没有排气孔，蒸汽难以上升到顶部，而由侧门或锅壁缝中逸出，死角大；也没有温度计插孔，对锅内温度不能准确监测，灭菌时间得不到保证，灭菌时间过短。
4、接种技术粗糙：熟料袋栽的接种过程几乎与制种相同，要求无菌操作。而大多数菇农没有固定接种室、发菌室。有的就在大棚或防空洞等栽培场地内，仅经一些简单消毒，手抓接种、就地发菌或这边发菌，那边出菇，一些老菇棚、防空洞经过多年栽培，环境中各种杂菌、害虫大量增加，极易造成病虫害的发生蔓延。
5、其他问题：一是配料中石灰添加比例太大，影响平菇子实体形成。二是有些农户只用一层报纸封口，起不到预防杂菌的作用，且受潮后极易破损。三是生长期为追求产量，浇水过勤，湿度太大，一遇高温便出现烂菇，霉菌污染等情况。
